使用注墨后的墨盒常见故障是：断线、堵头、色度不准。
如果你注入的墨水，理化性能和原墨盒残留墨水基本相近，那它是完全可以用的。因为我们手工加墨是在空气中常压下完成的，各色注墨量不可能掌握得很一致，加入的墨水分子中会有较多气泡含量，这时你将墨盒装机之后不要急着立即使用，而是要将喷头清洗一至两次之后将打印机关掉。要停机2-6个小时左右再使用，这时墨盒内的墨水会因化学自动排气的作用，已将气泡及空气排到墨盒顶端，这对你再使用时能减少故障。
堵头是注墨以后最容易发生的问题，因为EPSON喷墨打印机的超精细滤网是设计在墨盒出墨口处，而喷头输墨口与墨盒的接口处是没有滤网的。有些人在墨盒的出墨口处向墨盒内反向注墨，容易造成灰尘及杂质进入输墨口，这样使打印机堵头。
另一种发生的化学性堵头，是因为加注墨水的化学性质与原装墨盒中残留墨水不一样，其不同墨水的化学反应过程较慢，极难用肉眼观察到，如果这种墨水停留在喷头上产生了反应，将会对喷头造成破坏性后果。
补充墨水常见的另一类问题是颜色不很准确。彩色材料的生产会因批号不同，出现色差，这也是生产彩色材料最难的一关。EPSON喷墨打印机的补充墨水，一般出现色度偏差时，用户在EPSON喷墨打印机的属性设置中进行调整就可以了，只要可调范围在EPSON软件可设置的范围内就可用。
