要清除「运行」中的指令，要用到 Regedit.exe （注册表编辑器），如果你不熟悉 regedit 的用法，最好请熟悉的人在旁边协助你。因为如果不小心修改错误，容易造成 Windows 不正常。
按「开始」>>「运行」，在「打开」栏中，输入 regedit ，然后按确定。
到：HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionExplorer RunMRU
在右边窗格中你就可以看到都是些出现在「运行」里的项目，删掉 RunMRU 里所有的值，只要保留（预设）这一项就好。
关闭 regedit，重新启动你的计算机，让刚刚修改的值生效。
另一个小秘诀：
一个安全的方法，不用修改 registry 也可以清空「运行」里面的东西。
如果你有安装 IE 5 的话，开启 IE 5，到「工具」>>「Internet 选项」，在「常规」这页，你去按「清除纪录」，也可以清除掉开始菜单里「运行」里面的东西。
