从性能上讲，入侵检测系统面临的一个矛盾就是系统性能与功能的折衷，即对数据进行全面复杂的检验构成了对系统实时性要求很大的挑战。
从技术上讲，入侵检测系统存在一些亟待解决的问题，主要表现在以下几个方面:
1. 如何识别“大规模的组合式、分布式的入侵攻击目前还没有较好的方法和成熟的解决方案。从Yahoo等著名ICP的攻击事件中，我们了解到安全问题日渐突出，攻击者的水平在不断地提高，加上日趋成熟多样的攻击工具，以及越来越复杂的攻击手法，使入侵检测系统必须不断跟踪最新的安全技术。
2. 网络入侵检测系统通过匹配网络数据包发现攻击行为，入侵检测系统往往假设攻击信息是明文传输的，因此对信息的改变或重新编码就可能骗过入侵检测系统的检测，因此字符串匹配的方法对于加密过的数据包就显得无能为力。
3. 网络设备越来越复杂、越来越多样化就要求入侵检测系统能有所定制，以适应更多的环境的要求。
4. 对入侵检测系统的评价还没有客观的标准，标准的不统一使得入侵检测系统之间不易互联。入侵检测系统是一项新兴技术，随着技术的发展和对新攻击识别的增加，入侵检测系统需要不断的升级才能保证网络的安全性。
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