此外，香港媒体指出，阿里巴巴的口号是“让天下没有难做的生意”，但是阿里巴巴的招股书内有“天下最难懂的股权结构”，并称马云在记者会针对其持股比例的问题，答称“我也不是搞得很清楚”。由于马云持股低于10%，在阿里巴巴的招股书中，无法直接找到马云的持股量，要到附件七（法定及一般资料）的权益披露部分，才能得知各个董事的持股情况，但是其中包括了Alibaba.Com Limited（上市公司）及Alibaba.com Corporation 两家名称相似公司的持股，而在说明中，则以“占有关公司”及“占本公司”两组令人混淆数字表述。
其中，以马云的持股数量为例，分别有三组数字，分别为2837万股、1.89亿股及946万股。投资者需要详细研读26个附注及小心区别“有关公司”和“本公司”的分别，才明白第一个数字是马云在上市公司的持股（占上市后0.56%），第二个数字是他在母公司持股（7.74%），第三个数字是雇员股权交换计划的淡仓，如果计算马云在上市公司的持股量，应该是计算其好仓，包括间接持股（母公司持83%上市公司，即马云间接持6.4242%，加上直接持股，合共持有6.9842%，相当于3.5287亿股，以最新发行价上限13.5元计算，市值为47.64亿元。
以此计算，马云连同阿里巴巴7名高管兼董事，合共只持有12.79%股权（见附表），相对雅虎在上市后将持33.51%，显然，现在雅虎是阿里巴巴的最大股东，日后雅虎会否行使其大股东的高层任命权力，马云及创办人股东能否长期持有少数股权却作出大部分决策，将是阿里巴巴上市后最受关注的事宜。
Alibaba.com Corporation持有阿里巴巴83%股权（上市后未计超额配发），股东为雅虎（39%）、软银（29.3%）及阿里巴巴的管理层及员工（31.7%），即雅虎间接持有32.37%；另外雅虎会以基础投资者身分，最高买进7.76亿港元的阿里巴巴新股，如此看来，该公司极可能以13.5元定价，即雅虎会增持5748万股，令持股比例增至33.51%.
而软银则会间接持股24.32%，成为单一第二大股东。
阿里巴巴的董事及高管持股
董事;职位;持股比例（%）;持股数（亿股）;市值（亿港元）
马云;主席;;6.9842;;;;;3.5287 47.64
蔡崇信; 创办人3.3700;;;;;1.7026; 22.99
卫哲;;CEO;;1.0762;;;;;0.5437; 7.34
武卫;;CFO;;0.2149;;;;;0.1086; 1.47
戴珊副总裁;;0.5382;;;;0.2719; 3.67
谢世煌 战略发展主管0.4535;;;;0.2291; 3.09
彭翼捷 副总裁;;;0.0832;;;;0.0420; 0.57
崔仁辅; B2B董事;0.0698;;;;0.0353; 0.48
注：持股比例以上市后未计超额配发为基数，市值以每股13.5元计算。
